I vikingetiden var Arresø en fjordarm, som strakte sig ind i landet ude fra Kattegat, med et bredt udløb mellem Arrenakke og Asserbo, men i 15-1600-tallet rasede den store sandflugt ude ved Kattegat bl.a. på grund af kraftig træfældning langs kystlinien, som blotlagde den sandede jord. Sidst i 1600 tallet sandede det sidste afløb fra søen (Bydinge Å) til og vandet i søen steg.En stormfuld nat i 1714 skete så det, man havde frygtet. En kraftig vestenstorm pressede vandet så højt op på søens østside, at bønderne langs søen ved Huseby, måtte flygte for livet.Bønderne langs Arresø klagede gang på gang til kongen over, at de ikke kunne dyrke deres jord på grund af hyppige oversvømmelser når vandstanden i søen steg. I 1698 tog Christian V selv sandflugten i øjesyn, og i 1703 blev der nedsat en kommission til at undersøge problemet, men der skete ikke mere.Med Huseby-katastrofen havde ulykkerne nået deres højdepunkt og i 1718, startede man udgravningen af kanalen fra Frederiksværk til Roskilde fjord til udledningen af vandet fra søen. I 1719 var man færdig og i løbet af kort tid faldt vandstanden i søen med 1 meter og bønderne åndede lettet op.